Here is a list of all functions with links to the files they belong to:

- c -

• change_color() : seirs_pomp.c, si2r_pomp.c, twospecies_pomp.c
• check_color() : twospecies_pomp.c
• curtail() : curtail.cc, init.c

- d -

• DECLARATIONS() : init.c
• double2string() : newick.cc

- e -

• event_rates() : lbdp_pomp.c, seirs_pomp.c, si2r_pomp.c, sirs_pomp.c, strains_pomp.c, twospecies_pomp.c

- g -

• gendat() : gendat.cc, generics.h, init.c
• geneal() : geneal.cc, init.c
• genealScaleShift() : init.c, scale.cc
• genealSum() : init.c, sum.cc
• getInfo() : getinfo.cc, init.c

- l -

• lbdp_dmeas() : decls.h, lbdp_pomp.c
• lbdp_gill() : decls.h, lbdp_pomp.c
• lbdp_rinit() : decls.h, lbdp_pomp.c
• lineage_count() : generics.h

- m -

• make() : generics.h
• matchargs() : getinfo.cc

- n -

• ndeme() : generics.h
• newick() : generics.h
• nroot() : generics.h
• nsample() : generics.h

- p -

• parse_newick() : init.c, parse.cc

- r -

• R_init_phylopomp() : decls.h, init.c
• random_choice() : seirs_pomp.c, si2r_pomp.c, twospecies_pomp.c
• random_integer() : internal.h
• random_sample_wo_repl() : internal.h
• rcateg() : internal.h
• revive() : generics.h
• run() : generics.h

- s -

• scan_branch_length() : parse.cc
• scan_color() : parse.cc
• scan_name() : parse.cc
• seirs_dmeas() : decls.h, seirs_pomp.c
• seirs_gill() : decls.h, seirs_pomp.c
• seirs_rinit() : decls.h, seirs_pomp.c
• serial() : generics.h
• set_list_elem() : internal.h
• si2rs_dmeas() : decls.h, si2r_pomp.c
• si2rs_gill() : decls.h, si2r_pomp.c
• si2rs_rinit() : decls.h, si2r_pomp.c
• sirs_dmeas() : decls.h, sirs_pomp.c
• sirs_gill() : decls.h, sirs_pomp.c
• sirs_rinit() : decls.h, sirs_pomp.c
• strains_dmeas() : decls.h, strains_pomp.c
• strains_gill() : decls.h, strains_pomp.c
• strains_rinit() : decls.h, strains_pomp.c
• structure() : generics.h

- t -

• time() : generics.h
• timezero() : generics.h
• twospecies_dmeas() : decls.h, twospecies_pomp.c
• twospecies_gill() : decls.h, twospecies_pomp.c
• twospecies_rinit() : decls.h, twospecies_pomp.c

- y -

• yaml() : generics.h, init.c, yaml.cc